Huyện Darvoz là 'mỏ' phía tây của tỉnh. Tây-trung Gorno-Badakhshan chủ yếu là một loạt các dãy núi phân cách bởi thung lũng của các sông đổ vào sông Panj. Các quận được phân chia tương ứng với các thung lũng sông. Huyện Murghob chiếm nửa phía đông của tỉnh và phần lớn là một cao nguyên hoang vắng với các ngọn núi cao ở phía tây.

• Huyện Darvoz (cực tây, bắc)
• Huyện Vanj (tây, bắc)
• Huyện Rushon (tây, trung)
• Huyện Shughnon (tây, trung)
• Huyện Roshtqal'a (tây, nam)
• Huyện Ishkoshim (tây, cực nam)
• Huyện Murghob (hai phần ba phía đông)

Gorno-Badakhshan chiếm toàn bộ phần phía đông của đất nước và có ranh giới phía đông giáp với Khu tự trị Tân Cương của Trung Quốc, ở phía tây và nam giáp với tỉnh Badakhshan của Afghanistan, và ở phía bắc giáp với tỉnh Osh của Kyrgyzstan. Bên trong Tajikistan, phần phía tây của tỉnh giáp với Các huyện trực thuộc Cộng hòa (RRP) và mũi tây nam của tỉnh (huyện Darvoz) giáp với tỉnh Khatlon. Các ngọn núi cao nhất của Gorno-Badakhshan là Pamirs (núi Imeon cổ), và ba trong năm đỉnh núi cao trên 7.000 mét tại vùng Trung Á của Liên Xô trước đây nằm trên địa bàn tỉnh, bao gồm đỉnh Ismail Samani (trước đây là đỉnh Cộng sản) (7.495 m), đỉnh Ibn Sina (trước đây là đỉnh Lenin) (7.134 m, trên biên giới với Kyrgyzstan), và đỉnh Korzhenevskaya (7.105 m).